Церковь Иоанна Предтечи в Керчи - замечательный памятник византийского зодчества. Классифицируется как крестово-купольный храм восточно-христианской школы. Наиболее близкие аналогии происходят из азиатских областей Византийской империи и из ее столицы Константинополя.
Уникальный храм в Керчи - церковь Иоанна Предтечи - единственный из памятников архитектуры, сохранившихся с периода расцвета Тмутараканского княжества. То есть аж с X-XI вв..

Церковь представляет собой изящный четырехстолпный крестово-купольный храм с единственным куполом на высоком барабане. Традиционная для византийской архитектуры "полосатость" здания вызвана тем, что слои каменных блоков перемежаются слоями плоского кирпича - плинфы. Помимо декоративного эффекта это улучшает прочность и сейсмическую устойчивость здания.

Сочетание различных форм придает керченской церкви оригинальность и остроту, ее не спутаешь ни с какой другой. Здесь как бы соединены две архитектурные системы - базиликальная и крестово-купольная. Церковь Иоанна Предтечи - выдающееся произведение архитектуры. Некоторые свойственные ей черты прослеживаются и в древнерусских церквях.

У исследователей нет единого мнения о времени сооружения храма: одни называют восьмой век, другие - десятый; точно известно лишь то, что закончилось строительство к ХІІІ в. По преданию постройка церкви начата с благословения Св. Апостола Андрея Первозванного. Храм считался вторым по древности в пределах России после Нового Афона в Пицунде. На несомненную древность церкви указывает то обстоятельство, что во время господства на Черном и Азовском морях генуезцев, церковь эта пользовалась большой известностью. Керченский пролив был больше известен под именем Св. Иоанна, а не Черкио, такое имя тогда носил город, - порт Св. Иоанна.

В начале XIX в. здание храма было удлинено пристройкой с западной стороны. К северу от храма Иоанна Предтечи в 1963-1964 гг. археологом Т.Н. Макаровой был обнаружен перекрёсток вымощенных, расположенных под прямым углом друг к другу улиц с каменными кладками домов, построенных на месте разрушенных строений времени хазар. С юга к церкви примыкал могильник Корчева.

До того как в советское время храм закрыли, в нем находились старинные иконы, а также культовые предметы - манускрипты,  а также деревянная чаша, относящаяся к IV в. В церковной библиотеке хранились два манускрипта: “Св. Евангелие” и “Апостол”, писаные на пергаменте по-гречески.   В 80-х годах была проведена реконструкция церковного здания. Автор проекта реставрации - архитектор Е.И. Допушинская. Церкви вернули утраченный облик шедевра византийского зодчества и к 1990 г. она вновь стала действующей.

Четыре слоя красноглиняной плинфы на белом известковом растворе, которые являются изюминкой храма, послужили прообразом для городского флага и, соответственно, лент городских наград - Почетных знаков городского совета.